Crash legfőbb ellensége. Dr. Neo Cortex egy gonosz tudós aki Dr. N. Brio-val a laborjában állatokból mutánsokat hoz létre. Crash Bandicoot-al is ezt akarta tenni, hogy ő legyen a serege vezetője, csak egy baleset folytán Crash-nek sikerült megszöknie a laborból. Cortex azóta is keresi a módját, hogy hogyan tudna megszabadulni Crash-től, mert mindig keresztülhúzza a számításait. Legfőbb vágya a világuralom.